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病原微生物NGS解決方案來了,您準備好項目了嗎?
點擊次數:1514 更新時間:2020-10-12
 
病原微生物NGS解決方案來了,您準備好項目了嗎?
 
人類與感染性疾病的戰斗持續了幾千年。但自17世紀列文虎克用顯微鏡觀察到微生物后,人類才逐漸認知到了感染性疾病是由病原微生物導致,逐步開啟了病原微生物的研究。
主要的研究方法包括經典的培養鑒定法、實時熒光定量PCR法、NGS分析、質譜分析等多種方法。其中NGS由于可直接從宿主中快速而正確地檢測鑒別病原體的全基因組序列,以及通量高、數據庫全等特點,逐漸成為微生物研究領域的重要方法,并為后續實現對感染性疾病診斷、治療及預防提供技術保障。
NGS在病原微生物研究中的主要應用包括:
(1) 確定病原體全基因組序列,動態監控病原體的基因組變異;
(2) 特殊病原體(少見、未知、混合感染)的快速鑒定;
(3) 病原體的耐藥情況、毒力因子、以及與宿主的相互作用等的研究。
但是,科研人員往往面臨病原微生物核酸含量低、宿主核酸污染、實驗流程復雜等問題,
Takara病原微生物NGS文庫構建解決方案,能又快又好地幫您完成以下領域的分析。
 
1. 病原微生物檢測
 
宏基因組學(Metagenomics)解決方案
宏基因組學是研究環境或人體等樣本中所有以DNA為基因組的微生物遺傳物質的技術,它的發展開啟了病原微生物研究的新時代。這種技術不依賴微生物分離培養,可直接對臨床樣本中的核酸進行檢測,分析微生物群落、以及微生物與宿主之間的相互關系。
 
ThruPLEX DNA-Seq Kit,實現對微量樣品的可靠宏基因組分析
在某些情況下,以非常少量的臨床樣本作為研究對象進行宏基因組分析是難免的,這類樣本包括臨床拭子、體液、少量組織等。ThruPLEX DNA-Seq Kit支持50 pg-50 ng DNA起始,單管操作、手動15 min、總共兩小時,過程中無需轉管與純化,輕松應對宏基因組建庫難題!
 
【文獻案例】
皮膚是人體大的器官,“網羅”了各種各樣的微生物。多年來,雖然科研人員對涉及皮膚內穩態的微生物群落研究有了一些進展,但對皮炎與微生態失衡之間是否關聯知之甚少。近來,瑞典卡羅林斯卡醫學院的Dr. Nanna Fyhrquist團隊在Nature Communications雜志上發表了題為Microbe-host interplay in atopic dermatitis and psoriasis的文章,采用宏基因組學結合16s rRNA測序、宿主轉錄組測序分析技術,探討過敏性皮炎、銀屑病及健康人皮膚表面微生物群落特征,并與宿主皮膚轉錄組數據進行關聯分析。
結果顯示,過敏性皮炎與銀屑病皮膚樣品具有各自*的微生物群落特征,并都與健康人樣本的數據存在差異。其中,過敏性皮炎樣本的優勢菌為Staphylococcus aureus,與皮膚屏障功能、色氨酸代謝及免疫激活等宿主轉錄組數據有相關性;銀屑病樣本顯示出共生的微生物群落結構,并與宿主疾病相關基因的表達存在弱相關性。
本案例,作者使用皮膚拭子采集皮膚微生物樣本,采用ThruPLEX DNA-Seq Kit完成宏基因組文庫構建,起始DNA量為50-300 pg,非常微量!該試劑盒具有操作簡便,所構建文庫覆蓋度均一、多樣性好、duplicates比例低等特點,助力Dr. Nanna團隊獲得了可靠的宏基因組數據,為后續皮膚炎癥biomarker的發現及靶向治療提供了數據支持!
 
重慶市華雅干細胞技術有限公司擁有TAKARA旗下Clontech品牌代理權,正品現貨,歡迎咨詢! 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
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